Install, Setting Cluster Computer dengan LAM/MPI di Debian/Ubuntu

Instalasi Paket

Paket-paket yang dibutuhkan untuk mengimplementasikan LAM/MPI ini antara
lain :
1. Paket-paket LAM/MPI yang terdiri dari :

(a) lam4c2
(b) lam-runtime
(c) lam4-dev

2. Paket-paket SSH yang terdiri dari :

(a) openssh-server
(b) openssh-client

3. Paket-paket NFS (Network File System) yang terdiri dari :

(a) nfs-common
(b) nfs-kernel-server

Untuk menginstall paket di atas gunakan perintah :

apt-get install lam4c2 lam-runtime lam4-dev ssh nfs-common nfs-kernel-server

Topologi

Resource Komputer

———— Node 0 (induk) —-Node 1 (anak) —- Node 2 (anak) —- Node 3 (anak)

Address — 10.122.67.8 ——– 10.122.67.5 —— 10.122.67.7 —— 10.122.67.9

Prosesor — Pentium IV 2.4G — Pentium IV 2.4G – Pentium IV 2.4G – Pentium IV 2.4G

Memori —- 512 MB ———– 512 MB ———- 512 MB ———- 512 MB

OS ——— Debian Etch ——- Debian Etch —— Ubuntu Edgy —– Debian Etch

Kernel —– 2.6.18 ————- 2.6.18 ———— 2.6.18 ———— 2.6.18

Konfigurasi

• edit file bootshema

root@debian8:~# vim /etc/lam/bhost.def

10.122.67.8
10.122.67.5
10.122.67.7
10.122.67.9

• Buatlah user dengan nama user yang sama pada tiap cluster

root@debian8:~# adduser sasuke

• Cek apakah user pada node-node anak tersebut mempunayi uid dan gid yang sama dengan yang ada pada node induk, apabila berbeda samakan dahulu uid dan gid user yang ada pada node anak dengan mengedit file /etc/group dan /etc/passwd .

• Jalankan ssh server pada node-node anak

root@debian8:~#/etc/init.d/ssh start

• Kemudian buatlah RSA-key pada node master, dengan cara :

sasuke@debian8:~$ ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/sasuke/.ssh/id_rsa):
Enter passphrase (empty for no passphrase):
Enter same passphrase again:
Your identification has been saved in /home/sasuke/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/sasuke/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
7a:43:03:53:73:0e:a1:8e:47:66:40:4d:f5:3b:32:a6

• Untuk membuat node master dapat me-remote need slave tanpa passwordmaka passphrase pada saat pembuatan RSA-key tidak perlu diisikan sepertipada contoh diatas. Saat pembuatan RSA-ke, dibuat pasangan dari key , yaitu public key dan private key, yang secara defaults diletakkan pada memory pada directory .ssh . File id_rsa.pub adalah public key sedangkan id_rsa adalah private-key. Agar node-master dapat login tanpa password, public-key yang sudah dibuat oleh node master harus dimiliki oleh node slave. OpenSSH menyediakan tools untu mengkopi public key yaitu ; ssh-copy-id.

sasuke@debian8:~$ ssh-copy-id -i .ssh/id_rsa.pub sasuke@10.122.67.5

sasuke@10.122.67.5’s password:
Now try logging into the machine, with “ssh ‘sasuke@10.122.67.5′”, and
check in:
.ssh/authorized_keys
to make sure we haven’t added extra keys that you weren’t expecting.

• Ulangi mengcopy public key tersebut ke node anak yang lain
• Tes koneksi ssh dari node induk ke anak.

sasuke@debian8:~$ ssh 10.122.67.5
Linux debian5 2.6.18-4-686 #1 SMP Mon Mar 26 17:17:36 UTC 2007 i686
The programs included with the Debian GNU/Linux system are free software;
the exact distribution terms for each program are described in the
individual files in /usr/share/doc/*/copyright.
Debian GNU/Linux comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY, to the extent
permitted by applicable law.
Last login: Fri May 4 18:26:59 2007 from 10.122.67.8

• Apabila tidak muncul prompt autentikasi password dan anda bisa masuk ke node anak seperti di atas maka autentikasi dengan kunci RSA telah berhasil. Omedeto 🙂
• Settinglah konfigurasi NFS server pada node master dengan mengedit file /etc/exports dan menambahkan directory yang akan dishare. Directory ini merupakan directory tempat aplikasi MPI anda berada.

root@debian8:~# vim /etc/exports

/home/sasuke/parallel2
10.122.67.5(rw,insecure,no_root_squash,sync,no_subtree_check)
10.122.67.7(rw,insecure,no_root_squash,sync,no_subtree_check)
10.122.67.9(rw,insecure,no_root_squash,sync,no_subtree_check)

• Jalankan NFS server pada node induk

root@debian8:~# /etc/init.d/nfs-kernel-server start

——————————————————————————–

• Buatlah direktori untuk mount point di node anak yang nama dan pathnya sama dengan share nfs pada node master tadi.

sasuke@debian5:~$ mkdir parallel2

• Edit file /etc/fstab di node anak

root@debian5:~# vim /etc/fstab

10.122.67.8:/home/sasuke/parallel2 /home/sasuke/parallel2 nfs defaults 0 0

• Mount Share nfs tersebut pada node anak

root@debian5:~# mount /home/sasuke/parallel2

———————————————————————————

• Ulangi Langkah-langkah dari — (bagian atas) hingga — (bagian bawah) pada semua Node anak

Testing

• Untuk mengetes apakah LAM/MPI telah berjalan lancar maka jalankan perintah :

sasuke@debian8:~$ lamboot
LAM 7.1.2/MPI 2 C++/ROMIO – Indiana University
n-1<14131> ssi:boot:base:linear: booting n0 (10.122.67.8)
n-1<14131> ssi:boot:base:linear: booting n1 (10.122.67.5)
n-1<14131> ssi:boot:base:linear: booting n2 (10.122.67.7)
n-1<14131> ssi:boot:base:linear: booting n3 (10.122.67.9)
n-1<14131> ssi:boot:base:linear: finished

• Untuk mengetahui berapa banyak node yang ada dalam LAM universe

sasuke@debian8:~$ lamnodes
n0 debian8:1:origin,this_node
n1 10.122.67.5:1:
n2 10.122.67.7:1:
n3 10.122.67.9:1:

• Perintah Shutdown LAM Universe

sasuke@debian8:~$ lamhalt

~ Selamat Mencoba ~